При перебивке штабеля на 10... 11-й день проверяют влажность компоста (она должна быть 70...72 %). При последней перебивке на 13... 14-й день компост должен быть готов к пастеризации о чем свидетельствует темная окраска соломы. Если этого нет, ферментацию продолжают еще в течение 2...3 дней.
Следующий этап подготовки компоста — пастеризация.

При однозональной системе ее проводят в помещении для выращивания грибов (компост помещают на стеллажи или в ящики), а при многозональной — в специальном помещении для пастеризации (грибы выращивают в отдельных камерах).
В помещениях компост укладывают быстро, чтобы не допустить его охлаждения. На стеллажи (и со стеллажей) его подают транспортером и распределяют с помощью подвижной сетки на дне стеллажей. Степень уплотнения компоста при укладке на стеллажи или в ящики зависит от его структуры и влажности.

При высокой влажности компост уплотняют очень слабо или не уплотняют. После этого приступают к пастеризации компоста. Для этого необходима возможность регулирования температуры, влажности воздуха и аэрации (подачи воздуха). Задача пастеризации — обезвредить имеющиеся в компосте вредные микроорганизмы и вредителей.

Процесс пастеризации складывается из двух этапов: собственно пастеризации и отпотевания (кондиционирования).
В начале пастеризации температуру в компосте повышают до 58...60°С; для этого включают обогрев и подачу воздуха. Лучшее качество пастеризации достигается при использовании для обогрева пара, который подают в помещение. Постепенно температуру воздуха повышают до 58 °С и поддерживают на этом уровне не менее З...4ч. В этот период она должна быть выше температуры компоста. Подачу теплоты с этого момента обычно прекращают. Все время работает внутренний вентилятор, перемешивающий воздух внутри помещения без забора его извне, чтобы не охладить компост. Если компост плохо согревается, с помощью вентилятора подают свежий воздух. С увеличением температуры воздуха повышается и температура компоста.