Температура воздуха все время должна быть ниже температуры компоста, кроме периода собственно пастеризации, проходящего спустя 24...36 ч после загрузки помещения. В период пастеризации подают острый пар, а подачу свежего воздуха снижают до минимума. В течение 1 ...2ч температуру воздуха поддерживают на уровне 60 °С, что способствует повышению температуры компоста до 60...63 °С (при этом гибнет большинство возбудителей болезней и вредителей).

После этого подачу пара прекращают и включают вентиляцию, чтобы быстрее снизить температуру до 55...50 °С, затем до 52...48 °С, и поддерживают на этом уровне до окончания компостирования, затем как можно быстрее температуру снижают до 24...28 °С. Процесс пастеризации продолжается в течение 5...7 дней.

Признаки готовности компоста: появление сладковатого запаха (перепрелости) и сероватых колоний актиномицетов, солома становится темно-коричневой, при скручивании жгута рвется без значительных усилий.

Более широко распространена пастеризация в массе (пастеризация навалом) — второй способ пастеризации при многозональной системе производства шампиньонов. Суть его заключается в том, что пастеризацию проводят в специальной камере, стены которой имеют хорошую тепловую и воздушную изоляцию.

Измельченный компост загружают с помощью транспортера и ковшового погрузчика рыхлым слоем высотой 1,5...2,2 м (около 900 кг/м2) на решетку из шпал, устроенную на высоте 0,5... 1 м от пола камеры (площадь отверстий равна 30 % площади пола). Температуру 56...60°С выдерживают в течение 6...8 ч В камеру подают небольшое количество свежего воздуха, что обеспечивает достаточно активную деятельность термофильной микрофлоры.

Циркуляция воздуха внутри камеры обеспечивает почти одинаковую температуру компоста и воздуха. В последующем в течение 8...12 ч температуру снижают до 50 °С. После окончания кондиционирования повышают интенсивность вентиляции и снижают температуру компоста до 25 °С.