В природе дикорастущий женьшень почти не болеет, но в культуре болезни могут стать серьезной угрозой во всех районах, где он воздел ывается. Специфических болезней пока не выявлено, но он подвержен многим заболеваниям, распространенным среди других растений, вызванным всевозможными грибами и бактериями. Довольно сильно страдают от Заболевания всходы, проростки, молодые растения (сеянцы), из-за чего происходит большой отпад рассады.
Наиболее распространенными грибковыми заболеваниями являются ризоктониоз и фузариоз, вызывающие массовое полегание всходов. Заражение может происходить через семена и из почвы.
Профилактическим мероприятием в данном случае является рыхление поверхности почвы на грядах, которое способствует высушиванию верхнего слоя почвы, улучшает аэрацию. Загнивание, вызываемое ризоктонией, приостанавливается после присыпки поверхности гряд со всходами чистым песком слоем 5 — 6 мм. Для борьбы с фузариозом рекомендуется предпосевное протравливание семян и почвы 0,05 % раствором марганцово-кислого калия. Для дезинфекции места произрастания больных растений присыпаются золой.
Заболевания проростков отмечаются концевой гнилью, при которой кончики корня проростка становятся рыжевато-коричневыми, перестают расти и загнивают. Против этого заболевания рекомендуются ранние сроки посева стратифицированных семян, с ростками длиной не более 2— 5 мм, при температуре почвы не более + 1 5° С .
Часто встречается сухая ржавая гниль, вызываемая грибами и бактериями. Поражаются тонкие боковые корешки и головки корня. Ржавые пятна, как правило, не проникают внутрь ткани корня и легко стираются.
На корнях более взрослых растений встречаются мокрые гнили, вызываемые грибами и бактериями, которые приводят к размягчению корня и полной гибели.