Агрономическая ценность семян в значительной степени определяется их разнокачественностью. Различают три категории разнокачественное семян: матрикальную, или материнскую, экологическую и генетическую.

Матрикальная разнокачественность семян определяется местом их формирования на растении и состоянием самого растения в период после оплодотворения и образования зачатка семени. Особенности строения семенного растения обусловливают различия в формировании семян. Качество семян, как правило, выше у маловетвистых семенников, хотя урожай семян с куста у них ниже.

Семена капусты, редиса, моркови, салата, шпината, собранные с побегов нижнего яруса семенника, и особенно высокого порядка ветвления, дают более позднеспелые и менее урожайные растения. Это связано со степенью зрелости семян. При более позднем цветении и коротком периоде созревания семена на побегах высшего порядка в нижнем ярусе не достигают полной биологической зрелости. Семена с верхней части семенника капусты, брюквы, редиса, моркови, наоборот, формируют более продуктивные растения.

Имеет значение и порядок цветочных кистей и плодов в кисти у томата и других культур. Так, посевные качества семян у томата, как правило, тем ниже, чем выше порядковый номер плода, кисти.
Экологическая разнокачественность семян определяется различиями условий (особенно почвенно-климатических) каждой географической зоны, в которой их выращивают.

Генетическая разнокачественность семян обусловлена различием генного состава растительного организма и получением полиплоидных форм, возникновением мутаций в результате взаимодействия организма и среды в широком смысле слова, а также использованием гибридизации как основного метода изменения сортимента овощных растений.