Наличие в почве и на поверхности, а нередко и внутри семян патогенной микрофлоры обусловливает необходимость их обеззараживания. При отказе от этой операции существенно снижается всхожесть семян и резко возрастает опасность поражения растений болезнями.

Для обеззараживания семян используют термическую обработку, включая прогревание на солнце; их обеззараживают (протравливают) пестицидами, бактериальными препаратами, пероксидом водорода, перманганатом калия и т. д. Большинство названных операций наиболее целесообразно выполнять централизованно на семенных предприятиях.

Семена обрабатывают против патогенной микрофлоры, прежде всего вирусной, в сушильных шкафах при температуре 40...60 °С и выше в зависимости от культуры. Посевной материал рассыпают слоем толщиной 8... 10 см и прогревают в течение 4...5 ч, а иногда и нескольких суток. Семена периодически перемешивают, а температуру повышают до заданных пределов постепенно в течение 1...2ч. Такой обработке нельзя подвергать семена с повышенной влажностью. У некоторых культур (капусты, например, против сосудистого бактериоза) семена погружают в нагретую до 48...50°С воду на 20 мин с последующим погружением на 2...3 мин в холодную воду.

Семена обеззараживают протравливанием пестицидами в специальных машинах ПС-10, ПСШ-5 и др. Для лучшего удержания препаратов на поверхности семян используют водорастворимые прилипатели за счет так называемой инкрустации или полимерные материалы при гидрофобизации. При работе с пестицидами обязателен инструктаж по технике безопасности. Поскольку способ обеззараживания пестицидами приводит к загрязнению окружающей среды, необходимо стремиться использовать биопрепараты.

Перспективны для практического использования разработки кафедры овощеводства МСХА по обеззараживанию семян за счет барботирования их в водной суспензии пестицида. Промывание после такой обработки семян чистой водой дает возможность полностью исключить попадание препаратов в окружающую среду, а сама обработка подавляет наружную и внутреннюю микрофлору, стимулирует прорастание семян.